即位后，允文又禁止以诰为据判案定罪，同时停止公布榜文，等于进一步修订了法律中的严苛条文。

元末，张士诚踞苏松区域，多施仁政，深得民心，据传太祖当年攻打此地尤为艰苦。开国后，太祖对此地域，报复性地课以重赋，每亩地征税2~3斗，且规定“苏松人不得官户部”。其时苏松耕地只有天下的1/88，缴纳的赋税却占到了全国的9.5%。

允炆即位后，下诏大幅减免苏松赋税，将征收标准降到每亩不超过一斗，同时允许苏松人入户部为官。

皇权排他，需一权独大，以保子孙享富贵荣华。太祖建政后，为了牢固控制国之大政，将儿子派到各地做诸侯王，在他掌权时当然不会有事，毕竟他是父亲，有巨大的威性、能力和伦理道德优势。

但轮到建文执政，诸侯王皆是叔父，心里未把皇帝真当回事了，有甚者在其封地为胡作非为，令建文帝忧心不已。

在齐泰、黄子澄等人的建议下，建文帝决定削藩。他先是将周王、岷王、齐王、代王等废为庶人。

湘王朱柏秉性刚烈，强不受辱，在得知朱允炆要抓他时，携全家老少自焚而亡。此举极大惊吓仁厚善良的建文帝，他开始后悔以前的削藩。甚至在朱棣起兵作乱时，还要求官军不得伤及朱棣，“毋使朕有杀叔父之名”。

对于臣子，建文帝也仁义有加。朱棣作乱时，打的是清君侧的旗号，声称自己是“靖难”，而且仗打得越久，官方丢的地盘越多，换上别的皇帝，早就以处死齐泰与黄子澄为代价与对方和解，

但建文帝不是这样，虽然一度他表面上也要求齐秦、黄子澄离京，实际上却是派他们外出秘密募兵。

李景隆心怀鬼胎，居心叵测，受命统帅60万大军与朱棣作战，优势明显，敌寡己众，却屡战屡败，白沟河一役更是败得惨不忍睹，官军被斩首数万，溺死10余万。

后李景隆兵败回朝，连最初极力推荐李景隆的黄子澄当廷痛哭“景隆出师观望，怀二心，不亟诛，何以谢宗社，励将士”

吏部左侍郎练子宁还当廷抓住李景隆，数其罪，请诛之！

帝，尚顾念景隆是表兄弟，不忍治罪，练愤激叩首大呼曰：“坏陛下事者，此贼也，臣备员执法，不能为朝廷除卖国奸，死有余罪，即陛下赦景隆，必无赦臣！”因大哭求死

方孝孺等十八人殿前，义愤填膺，群情激愤，围殴景隆，并有监察请求诛杀李景隆以谢天下，建文帝依然不忍心治他的罪，后来甚至还将与朱棣和谈的重任托付给他。

建文帝至仁至礼，其人格力量，从以方孝孺为代表的大批文武大臣在大势已去之际甘于赴难，可见一斑，后世有人论述：真正毁掉建文帝的不是他的仁爱，而是不让他好好施仁爱的皇权体制。

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