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朝廷奖赏第五镇的圣旨发出后不久，孚琦弹劾龙谦的奏折到了。孚琦没有用电报的方式，而是用旧式的快马送达。所以时间晚了些。
其实，朝廷在接到孚琦的奏折之前，已经获悉了广东连续发生的流血事件。广东局势甚至引起了外国使节的关注。
随即，龙谦一份长电抵达北京，详细报告了自己整顿巡防营的目的和广州、肇庆两府冲突的过程。龙谦在电报中指责了孚琦袒护罪犯的行为，认为正是上下勾连纵兵为匪才导致了广东乱局难平。若想让广东长治久安，非得用霹雳手段不可。
这份电报自然比孚琦的奏折快的多，朝廷还没有来得及表态，孚琦的折子到了。
孚琦的报告终于改变了慈禧的态度，她终于被激怒了。一件事一件事地叠加起来，龙谦难逃“跋扈”的评语。或者说，“跋扈”是最轻的了。即便是当初创立湘军削平洪杨之乱的曾国藩兄弟，也没有龙谦这样的跋扈行为。他今日可以藐视广州将军，明日当可藐视两广总督，最后当然连朝廷的旨意也不当回事了。
怎么办？慈禧召集心腹大臣研究。奕劻和张之洞作为军机处的满汉领班，都劝慈禧慎重行事。但那桐、世续及刚进军机处学习行走的光绪帝之弟醇亲王载沣却主张免掉龙谦军职，将其召回京师另行安置。
奕劻问几个年轻人，如果第五镇生乱，该当如何？
“发大兵过去！灭了这个忘恩负义的竖子！”载沣叫道。
“发兵？第五镇战力之强你们都看到了。没有三个新军镇不足以万全。若是调三镇新军南下广东。需要多少银子？需要多少时间？最为可虑者，需要派谁统带？另外，山东要不要防备？”奕劻虽然贪腐，但十几年身处核心的经历。使得这位首席军机的问题极为尖锐。
事实上，自广东危机爆发，奕劻受到两方面的“夹击”。一个自然是龙谦一方，奕劻受到邢冬云转来的龙谦的要求。很客气，很详细但也很明确，便是要庆王爷代为在太后面前转圜。另一个就是袁世凯方面，袁世凯希望庆王能够说服太后对龙谦动武。
袁蔚亭的目的奕劻一清二楚，那就是借机名正言顺地拿回对北洋军的指挥权。
抛开两方私利，奕劻站在朝廷的立场上想来想去，认为动武绝不可取，主要的原因还是钱。做最坏的打算，实施一场针对龙谦的大战。朝廷没有一千万的军费根本就别想。那不是一个广东。还有一个山东横在那里！
山东也是朝廷心头的一根刺！杨士骧身为山东巡抚。态度越来越暧昧难明。而据王怀庆的密报，山东巡防营实有兵力绝对超过了一个新军镇，他们甚至已经编组了完全新式的组织。自称山东纵队，设了旅团的番号。光是十一月，山东巡防营就进行了两次规模巨大的军事演习，参加的部队超过了五千人。
最为可虑者，山东巡防营（姑且如此称呼吧）根本就不理会朝廷，他这个山东提督连巡防营的军营都进不了！
“太后，”张之洞看慈禧脸色越来越差，“臣以为庆王爷的意见是对的，目前绝不能采取军事解决的方式。”
“唔？你们几个说说？”慈禧将目光转向了几个满洲“千里驹”。
“为什么不行？”载沣在下面与铁良、溥伟、良弼以及从德国学习陆军回国的，与北洋军有着极深渊源的荫昌反复计议过了，“南方有第八、第九两镇可以动用，北洋至少可以出动三个镇，两路用兵，一举解决山东和广东，正其时也。”
“你不要说了！”慈禧失望地对载沣挥挥手，“张之洞，你觉得此事当如何处理为妥？”
“龙谦反迹未明，不宜以军事相威胁。而且他身为提督，整顿本省巡防营乃权责所在，没什么可指责的地方。若是当地驻军得力，朝廷又何必派第五镇南下两广？两广地理特殊，又是孙文乱党重点活动的区域，如果给乱党机会就得不偿失了。所虑者，乃其借整顿之机扩大实力也。为今之计，可下一道谕旨切责于他，令其暂停对巡防营的整编。如果他遵从，过一段时间另找个机会将其调入中枢可也。”张之洞虽老迈，但头脑一点不糊涂。
“此乃老成谋国之言。就这样办吧。但北洋诸军要加强训练，以备不测。”慈禧不再征求其他人的意见，立即做了决断。
她知道龙谦练兵的本事，从一支千余人的小部队，几年内便拉出了如此规模的强军。以为调走了第五镇便可掌控山东，没想到龙谦离开了山东，山东依旧针插不进。若是任由其在广东发展，谁知道第五镇会发展到什么规模？如果给他再练出两个镇，朝廷岂不是更拿他束手无策？
11月24日，军机处发出了一封以慈禧口气措辞严厉的电文给龙谦，“闻广州府士绅上书，报广东提督龙谦擅自撤编该府巡防营，多有冲突死伤，导致该府民怨沸腾。着广州将军孚琦核实其事。提督龙谦未经广州将军孚琦允准，亦未请示中枢，擅改朝廷大政，深失朕望……姑念该员效力多年，薄有微功，着令停止广东全省巡防营之整编，恢复旧制。”
11月26日，就在对广东的明发上谕斥责的第三日，朝廷对山东也动手了，调杨士骧署理直隶总督，派良弼出任山东巡抚。
种种迹象表明，甚至连当初一力保举杨士骧为山东巡抚的袁世凯都密奏慈禧，杨士骧已与龙谦沆瀣一气，诚可虑也。为了不惊动山东，朝廷虚出了直隶总督的高位，计划先将杨士骧调出来。拉过来，从而瓦解已自成体系的山东省。
本来，接替杨士骧的人选有两个，吴廷斌和袁树勋。前者为山西巡抚。后者刚从顺天府尹转为民政部左侍郎，资历都是够的。但吏部这个人选报上去，立遭慈禧痛骂，年纪较轻的吴廷斌都六十开外了。都是文官，哪里能管得住山东？最后，良弼自告奋勇，愿意弃武从文，去接替杨士骧离任后的山东巡抚。
朝廷万万没有想到，杨士骧竟然拒绝了朝廷升官的诱惑，声称自己体弱多病，目力衰竭，早已不堪驱驰。请求辞去山东巡抚之职。回乡终老余生。
杨士骧辞官为本来就紧张的局势再舔一把火。为此。袁世凯急令杨士琦亲赴山东，劝说其兄回心转意，但无果。杨士琦回北京后。报告袁世凯说其兄确实心力交瘁，不堪驱策了。
拖延了数日。清廷终于下了决心，免去杨士骧山东巡抚之职，着良弼署理山东巡抚。
矛盾终于激化了。
11月29日，山东局势尚未明了，龙谦再次电奏朝廷，为自己整顿广东巡防营而辩解。这不过是争取时间的一招，不管有没有用，先发一份电报再说。电文是洪粤诚代为起草的，文辞极佳，通篇充满了委屈的味道，对自己一心为朝廷反而受斥责很不理解。最后讲了，广州、肇庆巡防营已改组完毕，各自成立了一个旨在弹压地方维护地方治安的保安团，无法恢复旧制了，其余地区照朝廷谕旨暂不动了。但两个保安团业已编成，不宜再变。
11月30日，两广总督周馥电奏朝廷，肯定了龙谦的意见，认为广州府目前已经平静，不易再动了。
孚琦没有消息。
这一次朝廷反应迅速，12月2日，军机处电示广东，既然广州、肇庆两府巡防营已经改编完毕，可不再变动。唯广州、肇庆保安团之指挥权归广州将军，所有官佐，均须广州将军认可。
这是明确无误的信号。